Die Verwendung von Energiepflanzen entlastet sogar die klassischen Nahrungsmittelmärkte. Aufgrund der Überproduktion in der EU sanken die Preise für Agrarprodukte seit Mitte der 80er Jahre kontinuierlich. Schon allein die Tatsache, dass sich mit der Biogaserzeugung eine neue Produktions- und Absatzalternative etabliert hat, eröffnete eine nicht zu unterschätzende marktpsychologisch positive Wirkung für die gesamte landwirtschaftliche Branche.
Biogas bietet eine Reihe positiver Wechselwirkungen gerade im Hinblick auf die Produktionsverfahren der Tierhaltung. Insbesondere die Viehhaltungsbetriebe mit Schweinen und Geflügel haben einen erheblichen Wärmebedarf. Hier kann die bei der Stromerzeugung in Biogasanlagen als Koppelprodukt anfallende Wärme zur Stallbeheizung genutzt werden.
Das gilt nicht nur für ein Einzelunternehmen, in dem beide Betriebszweige organisiert sind, sondern in besonderer Weise auch für in vertretbarer Entfernung voneinander liegende Tierhaltungs- und Biogasanlagenbetriebe, die
über eine Nahwärmeleitung miteinander verbunden sind.
In der neuesten Ausgabe des EEG von 2009 wurde zusätzlich der so genannte Güllebonus für den Einsatz von Wirtschaftsdüngern (Gülle, Mist) in Biogasanlagen eingeführt. Dieser Anreiz fördert eine enge Kooperation zwischen Biogasanlage und Tierhaltung und lässt die tierhaltenden Betriebe am Güllebonus partizipieren. Gleichzeitig werden die klimaschädlichen Methanemissionen aus offenen Güllebehältern durch die energetische Nuzung der Gülle in Biogasanlagen weitgehend vermieden.