Die EEG-Vergütungen bei Biogasanlagen sind festgeschriebene Entgelte für die Einspeisung von Strom. Die Vergütungshöhe wird in regelmäßigen Abständen auf seine Marktbezogenheit und auf die realen Produktionskosten der Substrate überprüft. Auch Biogasanlagenbetreiber sind bei stetig steigenden technischen Anforderungen an die Biogasanlagen und den daraus resultierenden steigenden Anlagenkosten auf preiswerte Substrate angewiesen. In Regionen mit hohen Pachtpreisen war auch ohne Biogas schon ein höheres Preisniveau vorhanden.
Nach den Erkenntnissen des Fachverbandes Biogas werden von erfahrenen Betreibern keine überdurchschnittlichen Pachtpreise gezahlt. In vielen Fällen wird die Diskussion durch die Verpächter der Flächen angetrieben, zum Nachteil
der restlichen Landwirtschaft. Dass die allgemeinen Agrarpreise extremen Preisschwankungen unterliegen, ist nicht auf Biogas zurückzuführen.
Neben der Flächenpacht können Biogasanlagenbetreiber Biomasse verstärkt über Lieferverträge von anderen Landwirten beziehen. In jedem Fall sollten Biogasanlagen standortangepasst dimensioniert werden, um zu große Abhängigkeiten vom Substratmarkt zu verhindern. Auch Gemeinschaftsbiogasanlagen, die über eine entsprechende Substratausstattung verfügen, sind ein probates Mittel für größere Unabhängigkeit und weniger Folgen für den Pachtmarkt.

Je niedriger der Strompreis an der Strombörse, desto höher die Umlage. Eine höhere Umlage muss daher nicht automatisch Strompreiserhöhungen nach sich ziehen, wenn auf der anderen Seite die Börsenpreise sinken. Von 2008 auf 2009 sind die Einkaufspreise für Strom um 2,7 Cent pro Kilowattstunde gefallen. Diese Kostensenkungen haben die Energieversorger jedoch nicht an ihre Kunden weitergeleitet. Nicht zu vergessen die externen Kosten, die die Erneuerbaren Energien und mit ihnen Biogas vermeiden. Durch die Einsparung von 71 Mio. t CO2 konnten im Jahr 2009 rund fünf Milliarden Euro Klima- und Umweltschäden eingespart werden.